● Выделение геномной ДНК по методу Вильсона (Wilson, 1997).
● Амплификация гена 16S рРНК с использованием универсальных эубактериальных праймеров 27f (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') и 1525r (5'-AAGGAGGTGATCCAGCC-3') (Weisburg et al., 1991).
● Амплификация фрагментов генов b-субъединицы ДНК-гиразы (gyrB), рекомбиназы A (recA), b-субъединицы РНК-полимеразы (rpoB) и полифосфаткиназы (ppk) с использованием специфических праймеров, описанных в работах по конкретным группам (например, Jacques et al., 2012).
● Секвенирование нуклеотидных последовательностей.
● Филогенетический анализ и построение дендрограмм с использованием программы MEGA 6 (Tamura et al., 2013).
● Вычисление попарного сходства между последовательностями с помощью веб-ресурса EzBioCloud (Yoon et al., 2017).

Литература

1. Jacques M.A., Durand K., Orgeur G., Balidas S., Fricot C., Bonneau S., Quillevere A., Audusseau C., Olivier V., Grimault V., Mathis R. Phylogenetic analysis and polyphasic characterization of Clavibacter michiganensis strains isolated from tomato seeds reveal that nonpathogenic strains are distinct from C. michiganensis subsp. michiganensis // Appl. Environ. Microbiol. – 2012. – V. 78. – № 23. – P. 8388–8402.
2. Tamura K., S techer G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA 6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. – 2013. – V. 30. – P. 2725–2729.
3. Weisburg W.G., Barns S.M., Pelletier D.A. 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study // J. Bacteriol. – 1991. – V. 173. – № 2. – P. 697–703.
4. Wilson K. Preparation of genomic DNA from bacteria. In: Current protocols in molecular biology / F.M. Ausubel et al. – John Wiley and Sons. Inc. – 1997. – 2.4.1.–2.4.5.
5. Yoon S.H., Ha S.M., Kwon S., Lim J., Kim Y., Seo, H., Chun J. Introducing EzBioCloud: A taxonomically united database of 16S rRNA and whole genome assemblies // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. – 2017. – V. 67. – № 5. – P. 1613–1617.

Изменения внесены 06.01.2024